在使用万方论文查重率检测工具时，常见问题包括：1.查重率过高，如何降低？2.查重结果与其他工具不一致怎么办？3.如何处理因格式不同导致的查重误差？解决方法：1.适当调整查重参数，如增加排除引用文献选项；2.对比多个查重工具结果，取交集作为最终判断；3.统一文档格式或使用转换工具进行格式统一。

另外，还有一些常见问题需要注意：4.查重结果中的自我重复如何处理？5.如何应对外文文献的查重问题？6.是否需要针对不同文献类型采取不同的查重策略？解决方法：4.排除文本中的目录、参考文献等自我重复内容；5.使用专门针对外文文献的查重工具；6.根据文献特点选择合适的查重策略，如对于图片较多的文献可选择图片查重功能。